مهمترين آسيبهاي تحقيق به طور كلي و نگارش پايان نامه به طور خاص، تحقّق نيافتن فرهنگ تحقيق و پژوهش در مراكز علمي و دانشگاهي است. شايد يكي از دلايل اين نقصان آن باشد كه در اين مراكز و مجامع هنوز جايگاه تحقيق و پژوهش آنگونه كه بايد شناخته نشده است و نقش آن در پيشرفت علوم و فنون و به عبارتي وابسته شدن رشد و توسعه علوم براي عناصر علمي اعم از اساتيد و دانشجويان و طلاب درست تبيين نگرديده است.
آشنا نبودن طلاب، دانشجويان و حتي اساتيد با ساز و كار پژوهش و نداشتن مهارت تحقيق، از جمله آفات مهم تحقيق و تدوين پايان نامه به شمار ميآيد، البتّه به اين دو مسئله، عدم برنامه ريزي نيز اضافه ميشود. در كار تحقيق بايد اين مسئله روشن گردد كه در كدام مرحله بايد به صورت گروهي يا تيمي عمل نمود و در چه موضوعاتي بايد فردي تلاش كرد و براي انجام چنين كاري بايد از چه روشي بهره جست.
عدم وجود سخت افزارهاي مناسب نيز از ديگر آفات به شمار ميآيد. پژوهش در صورت فراگير بودن، نيازمند به امكانات لازم است، در كار محدود و در پايان نامهها نيز بدون امكانات، ارائه كار مطلوب امري ناممكن است. علاوه بر اين وجود فضاهايي براي مطالعه و كار و امكانات رايانهاي نيز ضروري است. زيرا بدون ترديد با وجود اين امكانات است كه ميتوان به مطالعه پرداخت به نيازها پي برد و موضوعات گوناگون را براي تحقيق برگزيد. امروزه به جهت عدم دسترسي به مطالعات وسيع، بسياري از كارهاي تحقيقي از جمله پايان
نامهها از جهت موضوعات و عناوين در سطح پاييني قرار گرفتهاند و عموماً به موضوعات تكراري پرداخته شده است.
مسلماً با وجود بانك اطلاعات و اطلاع رساني مناسب بسياري از عناوين و تحقيقات از تكراري بودن خارج شده و موضوعات نو جاي آن را ميگيرد. كمترين فايده اين كار تحوّل در شرايط حاكم بر تحقيق خواهد بود.
اين آفات همه، برطرف شدني هستند و هيچ كدام مانع جدّي براي تلاش و تحقيق نميباشند به شرط اين كه موانع، شناخته شده و براي رفع آنها گامهاي اساسي برداشته شود.